La concesión de beneficios fiscales se enmarca en las necesarias relaciones de cooperación del Estado con la Iglesia Católica y las demás confesiones a que se refiere el artículo 16 de la Constitución española, y constituye uno de los mecanismos más importantes de colaboración del Estado a la labor que realizan las confesiones religiosas. Los criterios económicos que justifican la aplicación de un régimen tributario particular a las confesiones religiosas se abordan en la introducción que sirve de aproximación al tema.
Aunque actualmente no existen prácticamente diferencias entre la Iglesia Católica y las restantes Confesiones con las que el Estado español ha firmado Acuerdos de colaboración, el fundamento jurídico original para la aplicación de los beneficios fiscales a la Iglesia Católica es distinto a las restantes Confesiones. En consecuencia, es necesario dedicar un capítulo al análisis del marco general que determina el régimen tributario aplicable en cado caso, considerando el Acuerdo sobre Asuntos Económicos con la Santa Sede, los Acuerdos de Cooperación con otras Confesiones y el régimen fiscal aplicable a las entidades sin fines de lucro. Establecido este marco general, en los siguientes capítulos se irán analizando las distintas figuras del sistema tributario español y la problemática de su aplicación a las Confesiones.
Se dedicará un capítulo a la imposición directa, cuya principal figura es el Impuesto sobre Sociedades, y en el mismo se analizará la problemática de la delimitación del sujeto pasivo, las actividades y rendimientos no sujetos, las rentas que pueden considerarse exentas y los rendimientos sujetos a tributación, así como las obligaciones formales en cuanto a declaraciones y registros contables.
El capitulo dedicado a la imposición indirecto se centra en el alcance de los beneficios fiscales en el Impuesto sobre el Valor Añadido y en el Impuesto sobre Transmisiones Patrimoniales y Actos Jurídicos Documentados, la determinación de la figura por la que procede tributar según el tipo de operación y la problemática de las exenciones y la traslación de la carga tributaria en estos impuestos.
Por último, se dedica un capítulo a los tributos locales, en cuya aplicación frecuentemente surgen problemas específicos. En particular se analiza el alcance de las exenciones fiscales a las Confesiones religiosas y los problemas de interpretación de las mismas en el Impuesto sobre Bienes Inmuebles, el Impuesto sobre Actividades Económicas, el Impuesto sobre Construcciones, Instalaciones y Obras y el Impuesto sobre el Incremento de Valor de los Terrenos de Naturaleza Urbana